Đây là một giải pháp rất quan trọng nhằm đẩy mạnh thu hút đầu tư vào các KCN. Tỉnh cần thực hiện phân công, phân cấp cho các ngành, các cấp để xử lý trước, trong và sau khi cấp giấy phép đầu tư, tăng cường sự phối hợp giữa các sở, ban, ngành để kiểm tra, giám sát việc đầu tư các dự án vào các KCN trên địa bàn tỉnh. Ban quản lý các KCN Nghệ An là cơ quan quản lý trực tiếp các KCN. Ban quản lý KCN Nghệ An được thành lập tại quyết định số 107/1999/QĐ-TTg ngày 23/4/1999 của thủ tướng chính phủ. Với chức năng nhiệm vụ được quy định tại quyết định số 122/2001/UBND ngày 20/12/2001 của UBND tỉnh Nghệ An.
Bộ máy tổ chức của Ban quản lý các KCN Nghệ An gồm có 1 trưởng ban, 2 phó ban, 4 phòng và công ty phát triển KCN Nghệ An . Văn phòng Ban là một bộ phận trong cơ cấu tổ chức bộ máy của Ban quản lý các KCN, giúp trưởng ban điều hành các hoạt động của Ban quản lý đảm bảo đồng bộ, liên tục và hiệu quả. Văn phòng thực hiện các nội dung công tác là tổng hợp, hành chính quản trị, tổ chức cán bộ và tài vụ của cơ quan. Phòng quản lý đầu tư và xuất khập khẩu có chức năng chủ yếu là tham mưu, giúp trưởng ban trong lĩnh vực vận động thu hút đầu tư, tiếp nhận và thẩm định hồ sơ dự án, cấp điều chỉnh, thu hồi giấy phép đầu tư, quản lý các dự án đầu tư trong quá trình xây dựng cơ bản để hình thành doanh nghiệp, cùng với phòng quy hoạch môi trường đề xuất, lập hồ sơ các dự án ngoài hàng rào KCN. Phòng quản lý quy hoạch và môi trường có chức năng tham mưu cho lãnh đạo ban trong việc quản lý quy hoạch, xây dựng và môi trường ở các KCN. Phòng quản lý doanh nghiệp và lao động có chức năng chính là tham mưu cho lãnh đạo ban trong việc quản lý hoạt động của các doanh nghiệp và việc thực hiện bộ luật lao động trong các KCN, theo dõi và quản lý các công ty hạ tầng; đề xuất với lãnh đạo những giải pháp hỗ trợ cho quá trình sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp KCN.
Ban quản lý các KCN cần có quan điểm "coi khó khăn của các doanh nghiệp là khó khăn của chính mình", đồng hành, sát cánh cùng doanh nghiệp, hỗ trợ doanh nghiệp tháo gỡ khó khăn, giải quyết các vướng mắc. Mọi cơ chế, chính sách hoàn thiện để quản lý hoạt động của ban phải trên tinh thần vì doanh nghiệp. Vì vậy ban có thể xây dựng mạng thông tin nội bộ và nối mạng vi tính với các KCN, thành lập, khuyến khích các tổ chức ngành nghề hoạt động như hiệp hội các doanh nghiệp KCN để sinh hoạt trao đổi, tìm kiếm thị trường. Ban chủ động thay đổi cơ chế hoạt động để phù hợp với lộ trình hội nhập kinh tế quốc tế. Ban cần bố trí lại cơ cấu nhân sự cho phù hợp với yêu cầu công việc trong điều kiện mới. Bố trí đại diện Ban quản lý ở các KCN nhằm gắn hoạt động của Ban quản lý với cơ sở, tiếp nhận thông tin, theo dõi tình hình, thay mặt Ban quản lý giải quyết những vấn đề đột xuất và cấp bách trong phạm vi cho phép, giảm bớt khối lượng tác nghiệp tại trụ sở chính của Ban quản lý để nâng cao năng lực nghiên cứu, tham mưu của phòng nghiệp vụ và cũng là giúp các nhà đầu tư tiết kiệm thời gian, tiền bạc… Ban quản lý chủ động triển khai các hoạt động xúc tiến đầu tư, phối hợp với các cơ quan quản lý, các tổ chức xúc tiến đầu tư trong và ngoài nước. Hoàn thiện mối quan hệ Ban quản lý các KCN Nghệ An với các cơ quan nhà nước ở trung ương và địa phương. Việc hoàn thiện mối quan hệ này nhằm giúp ban giải quyết nhanh gọn các vấn đề phát sinh trong quá trình hoạt động của các KCN. Ban cần đưa ra những quy chế phối hợp với công an tỉnh, ngân hàng nhà nước tỉnh, cục thuế, công ty điện lực, sở y tế, bưu điện tỉnh, hải quan tỉnh, sở kế hoạch và đầu tư, sở công nghiệp, sở giao thông vận tải, sở khoa học công nghệ, sở tài nguyên và môi trường và chính quyền các địa phương có KCN bao gồm Nghi Lộc, Quỳnh Lưu, Cửa Lò, Nghĩa Đàn.
Trong các quy chế này, cần định rõ chức năng, nhiệm vụ và mối quan hệ cụ thể trong việc giải quyết những vấn đề phát sinh sao cho không bị chồng chéo mà nhanh gọn, dứt điểm. Sau mỗi năm thực hiện, Ban quản lý cần chủ động tổ chức các hội nghị rút kinh nghiệm, lắng nghe ý kiến đóng góp của các ban, ngành và sửa đổi, bổ sung thường xuyên các quy chế này cho phù hợp với từng thời kỳ. Trong mối quan hệ với các doanh nghiệp KCN, Ban quản lý cần thực hiện tốt hơn nữa việc theo dõi và kiến nghị với các cấp có thẩm quyền giải quyết dứt điểm việc đền bù, giải phóng mặt bằng, thu hồi đất cho KCN nhằm tạo điều kiện cho các công ty hạ tầng KCN đẩy nhanh tiến độ xây dựng để giao đất cho các dự án. Ban cần xây dựng đề án tổng thể về quản lý môi trường ở các KCN. Có thực hiện tốt những vấn đề ấy, các KCN Nghệ An mới có thể thu hút ngày càng nhiều các nhà đầu tư đến kinh doanh.