Vấn đề khó khăn và vướng mắc chính hiện nay trong quá trình triển khai ứng dụng mô hình KCN TTMT là Chính phủ chưa xây dựng và ban hành các quy định, các hướng dẫn chính thức và cụ thể về việc tổ chức xây dựng mới hoặc chuyển đổi KCN hiện có thành mô hình KCN TTMT, cho nên nhằm giải quyết các khó khăn và vướng mắc hiện nay, thúc đẩy và khuyến khích mạnh mẽ việc triển khai rộng rãi mô hình KCN TTMT vào trong thực tiễn CNH – HĐH đất nước vì sự nghiệp PTBV, thì trước mắt cần thiết phải áp dụng các giải pháp cấp bách về chính sách quản lý KCN như sau: Chính phủ ban hành chính sách phân cấp mạnh mẽ hơn cho việc tổ chức thực hiện nhiệm vụ QLMT và hoàn thiện hệ thống QLMT KCN.
Chẳng hạn, Bộ TN&MT và Bộ Công nghiệp ban hành thông tư liên bộ về chế độ phân cấp QLMT đến KCN và các DN. Chính phủ ban hành quy định về tiêu chí KCN TTMT sử dụng cho việc xây dựng mới và chuyển đổi KCN hiện có, đánh giá và phân loại KCN TTMT. Chẳng hạn, Bộ TN&MT và Bộ CN ban hành thông tư liên bộ về ban hành áp dụng hệ thống tiêu chí KCN TTMT.
Chính phủ ban hành các hướng dẫn cụ thể và chi tiết về quá trình đầu tư xây dựng mới và chuyển đổi KCN hiện có, trong đó bao gồm các quy định cụ thể về thực hiện báo cáo ĐTM của KCN TTMT trong các giai đoạn đầu tư xây dựng mới và chuyển đổi KCN hiện có. Chẳng hạn, Bộ TN&MT ban hành thông tư hướng dẫn chi tiết về quá trình đầu tư xây dựng mới và chuyển đổi KCN hiện có thành KCN TTMT. Chính phủ ban hành chính sách xây dựng và vận hành thị trường trao đổi chất thải, chính sách đầu tư về mạng thông tin, cơ chế kết nối, điều phối và điều hành hoạt động, chính sách giá cả trao đổi chất thải áp dụng cho thị trường trao đổi chất thải bổ sung tại các KCN, KCX, CCN tập trung và quy mô cả nền sản xuất công nghiệp.